Gustaf Emil Zilliacus föddes den 1 september 1878 i Tammerfors som son till ingenjör Mauritz Zilliacus och hans andra maka Matilda Wilhelmina Grönfors, dotter till köpmannen Johan Grönfors och Albertina Jussila från Tavastehus. Emil förblev det enda barnet. Han blev student från Viborgs finska klassiska lyceum 1896, fil.kand. 1900, fil.lic. och fil.dr 1905 och var docent i litteraturhistoria 1907−1943 vid Helsingfors universitet. Professors titel erhöll han 1940. Han utnämndes till extraordinarie professor i antikens litteratur vid Helsingfors universitet 1943(−45). Ordförande för svenska författareföreningen 1929 och 1933−35 och för Nordiska litteraturrådet 1929 med flera uppdrag. Studier i Paris 1903−1904, Florens 1905−1906 och London 1910.
Emil behärskade det finska språket fullkomligt, men han gjorde sin litterära karriär på svenska. Han var oberoende av det lilla finländska samhällets och den finlandssvenska kulturens tidsbundna och begränsade perspektiv. Han var en europé med en vid både klassisk och modern bildning. Doktorsavhandlingen bar titeln Den moderna franska poesin och antiken.
Emil anslöt sig till den intellektuella krets kring tidskriften Euterpe (1901−1905) som inom de intellektuella kretsarna i Finland var den som var mest öppen mot Europa och helt oberörd av sådana dagsfrågor som språkstrider, socialism och förryskning. Till kretsen kring Euterpe, ”argonauterna”, hörde Gunnar Castrén, Torsten Söderhjelm, Olaf Homén, Gustaf Strengell, Sigurd Frosterus, Leo Ehrnrooth och Emil Hasselblatt. Som medarbetare i tidskriften Euterpe skrev Emil Zilliacus såväl om nyare fransk som om klassisk poesi. Euterpe föraktade borgerlig smak och borgerliga visioner och trotsade sexualtabun. Den föredrog det kosmopolitiska världsmedborgarskapet framom den runebergska nationalismen. Den var fientlig mot kyrkan, då den uppskattade individualismen, liberalismen och sinnligheten. Nietzsches Übermensch passade gruppen, men för övrigt riktade den blickarna mot Frankrike och den nya franska litteraturen. Euterpe upphörde 1905.
Emil var en av grundläggarna av Argus (Nya Argus efter indragningen 1911) med Gunnar Castrén, Werner Söderhjelm och Guss Mattson. Han var dess huvudredaktör 1911−1933 och redaktionsmedlem ända till 1945.
Ett tag tog Emil tillsammans med småkusinen Gustaf Strengell hand om konstindustriföretaget Libertys agentur, som övergick till dem från Louis Sparre.
Ekonomiskt oberoende av en akademisk karriär nöjde Emil sig med en docentur i litteraturhistoria. Detta gav honom frihet och möjlighet att ägna sig åt det som intresserade honom mest. Först 1943 blev han utnämnd till extraordinarie professor i antikens litteratur, då hans livssituation hade förändrats. Vinterkriget hade jämnat Hapenensaari med marken. Den vackra lägenheten på Skatudden förstördes av en brandbomb 1944. I Privatbankens konkurs hade han förlorat den stora förmögenhet som kommit från moderns familj.
Som diktare, översättare, forskare och essäist var Emil Zilliacus en av sin tids mest prominenta kulturpersonligheter, dock bättre känd utomlands än i hemlandet. Han var en förnämlig kännare av antik och klassisk kultur, och hans böcker om den antika litteraturen har fått stor spridning och starkt påverkat antikuppfattningen hos många generationer av svenska läsare. Hans översättningar av Aischylos och Sofokles tragedier och hans essäer om den klassiska världen blev mycket uppskattade i hela Norden. Hans översättning av Orestien var aktuell ännu år 2010 i regi av Lars Norén i Göteborg.
Den karelska hembygden satte sin prägel på Emil Zilliacus upplevelser. Fosterlandskärleken och den hängivna beundran av den klassiska kulturen var två riktlinjer i hans poesi, som var av ett personligt slag: debuten föranleddes av hans äldste, åttaårige sons död. Emil använde den traditionella, rimmade och metriskt bundna versen. På det sättet var hans poesi klassiskt allmängiltigt, trots att den fått sin upprinnelse i strängt personliga upplevelser. Poesin var ett sätt att uttrycka känslor och söka tröst bortom känslorna. Emil skrev om människan inför arketypiska situationer. Det etiska draget och stoicism är betecknande för honom, och den gyllene medelvägen som ideal framgår i hans beteende.
Efter moderns död i lungcancer skrev han 1918:
Men hvad jag tillhopa lagt
af ömhet under åren,
allt hvad jag dig skulle sagt,
säges först vid båren.
Inför tanken på den älskades förgänglighet utropar Emil:
Hvad gör det mig, att snart min dag är slut,
hvad gör det mig, att solens ljuskaskader
med tiden skola sina ut,
att evig natt en gång sig sänker
kring vintergatans stjärnemyriader!
Men när jag tänker
att äfven du skall blifva jord,
i namnlöst svårmod, alltför djupt för ord,
jag faller åter
och lutar pannan mot min hand och gråter.
Hapenensaari var Emils stora intresse och dess äppel- och fruktträdgård blev mycket känd. Äpplen från Hapenensaari såldes även på salutorget i Helsingfors. Emil kände sig som en karelare. Han tillbragte året om en del av veckan på godset i Finska viken. Han hade sina föreläsningar torsdagar och fredagar och for ofta med tåg till Viborg redan fredagskvällen eller lördagsmorgonen och återvände till Helsingfors med nattåget på torsdagsmorgonen. Emils inspirationskälla och arbetsmiljö var Hapenensaari. Där var han fri men inte utomstående eller isolerad.
Förlusten av Karelen var ett svårt slag, men prövningarna mötte han med jämnmod och offervilja, andlig spänst och mod.
I Bokslut i samlingen Vandring (1938) uttrycker han sin attityd till livet:
Om det är sant att lyckan skall betalas,
kontant, och med någon skenmanöver,
att väl likviden stundom kan förhalas
men aldrig utebli och strykas över −
då hör jag icke till de insolventa,
då har jag icke något kvar på skulden.
Då är till både capital och ränta, vid Gud,
min gäld till sista öret gulden.
Sonen Benedict återger minnesbilder från Hapenensaari i böckerna Bergets skugga (1987) och Båten i vassen (1990). Han beskriver sin barndoms paradis Hapenensaari och fadern som i antikens efterföljd dyrkade skönheten och kroppskultur, såsom solbad, simning och bastubadande eller vintertid skidåkning. I sin sista bok Silverhöst (1943) ger Emil uttryck för sin bitterhet över förlusten av gården. Ingenting blev kvar av det som funnits i huset, för det fanns ingen där som kunde rädda ägodelarna. Under fortsättningskriget, när Viborg återtagits av de finländska trupperna, kunde Emil återvända till Hapenensaari och bo i inspektorns bostad. Den 7 juli 1944 erövrade sovjetiska trupper Hapenensaari. De utplånades sedan i häftiga strider, varvid resten av egendomen förstördes.
Emil Zilliacus fick Statens litteraturpris 1926 och 1936, Lybeckska priset 1927, Stora priset 1930, Svenska litteraturpriset 1937 och 1943, De Nios stora pris 1940 och 1958. Han promoverades till hedersdoktor vid Göteborgs högskola 1941 och vid Oslo universitet 1951.
Emil Zilliacus dog 1961.
Emil gifte sig 1905 med Ingrid Wegelius (1883−1935). I äktenskapet föddes barnen:
- Gustaf Mauritz (1906−1914), kallad Ki
- Johan Henrik (1908−1992), som blev professor i grekiska, gift med Harriet Björkenheim (1908-1979)
- Christina Elisabeth (1916-1951), kallad Kitta, gift med engelsmannen, läraren i Oxford Wilfred George Henry Weeks (1910-1945)
- Emil Benedict (1921−2013), journalist och författare och gift med Jutta Armelle (född Kingo)