Vid Nevans mynning lär det ha funnits en handelsplats redan under medeltiden. Torgils Knutsson grundade där 1293 en svensk fästning kallad Landskrona, men den intogs av ryska styrkor redan 1301. Freden i Stolbova 1617 tillförde Sverige västra Ingermanland och Kexholms län utöver de tidigare erövringarna i Baltikum, Östersjöprovinserna, och Ryssland blev utestängt från Östersjön. År 1632 grundade Gustav II Adolf staden Nyen[1] på Horova-näset vid Ochtas eller Svartbäckens utflöde i Nevan. Vid Nevan hade en befästning anlagts 1611, men den var en liten skans utan vallar.
Nyen fick stadsrättigheter 1638 och blev stapelstad 1642. Bland de betydande handelsrättigheterna ingick att stadsborna fick rätt att segla till orter inom och utom riket och att motta utländska köpmansskutor i hamnen. Staden tilläts hålla en egen källare med monopol på försäljning av allehanda främmande drycker. Invånarna befriades också från vissa skyldigheter på villkor att staden utsåg gästgivare och tavernare som skulle förse resande med härbärge, förtäring och skjuts. I privilegierna utlovades också 12 års befrielse från lilla tullen, bakugnspenningar, öl- och brännvinsaccis, båtmanshåll, städernas vanliga kontribution och andra ordinarie borgerliga besvär och utlagor. Dessutom fick Nyen ett eget vapen: ett lejon stående mellan två strömmar med ett svärd i högra tassen. Avsikten var framförallt att Nyen skulle bli en bas för handeln med Ryssland och dra till sig den ryska exporten över Archangelsk.
Ryssarna bröt överraskande freden. Åren 1656−1658 härjade det så kallade rupturkriget i staden och förstörde den totalt. Fred slöts 1661 i Kardis. Sveriges besittningar bekräftades och handels-överenskommelserna kompletterades. Flyktingarna återvände till staden och de gavs tio års förlängning av privilegierna. Först efter freden kom Conrad Zilliacks och Hueckska familjen till Nyen; däremot hade Anna Luhrs familj bott där redan före kriget. Återuppbyggnaden av staden gav både arbete och möjligheter att göra affärer.
Mantalslängderna från 1600-talets sista kvartsekel fattas så man vet relativt litet om befolkningen mellan 1642 och 1684. År 1642 hade staden 471 invånare (232 män och 239 kvinnor) − det verkliga antalet var sannolikt större. Bland dessa 471 hade bara tolv ett tyskt namn, men antalet invånare med tyskt ursprung blev större under andra hälften av seklet. Staden upplevde under 1600-talets sista decennium en stark högkonjunktur i trävaruexportens tecken. Vid seklets slut uppgick befolkningen till 2 000−3 000 personer. Knappast någonstans i Ingermanland påträffas det så många olika näringsgrenar eller nationaliteter: bl.a. finnar, svenskar, ryssar, karelare, tyskar och holländare. En betydande del var finnar och svenskar, som hörde till en gemensam församling, bildad 1640.
Tyskarna var redan i början av 1650-talet manstarka nog att ha en egen församling. De flesta av tyskarna kom från Estland och Livland, men även från Tyskland. De fick småningom en helt dominerande ställning. De mera betydande köpmännen var tyskar liksom många hantverksmästare och vid seklets slut också de flesta av rådmännen.
En planritning från 1698 visar hur Nyen såg ut. Staden liknade nuvarande Gamlestaden i Göteborg. I långa, raka rader utbredde sig boningshusen längs Svartbäckens nedersta lopp och en bit längs Nevan, de flesta av trä, men med stenhus här och där. Den smala och grunda Ochtan delade staden i två delar, som förenades genom tre broar. Färjan tog varor och folk över Nevan. På södra sidan låg den svensk-finska kyrkan av sten med prästgården och skolbyggnaderna. På den norra sidan låg tyska kyrkan, torget med gamla och nya rådhuset, hospitalet med bönehus, klockstapel, kyrkogård och trädgårdar.
Trakten kring staden bestod mest av moras, delvis uttorkat och förvandlat till åker och trädgårdar. Söder om staden låg borgerskapet tillhöriga spannmålsbodar, trädgårdar, humlegårdar och åkrar. I öster fanns Musmanplatsen och ett stycke därifrån en redutt. Mot norr utmed Nevan låg en förstad, tegelbruk, kommendantens trädgård, artilleriträdgården och flera byar. Ovanför Lilla Svartbäckens mynning fanns ännu en bro, Skeppsbron, som förband staden med fästningen. Söder om fästningsgraven hade det uppstått en liten förstad med becksjuderi, repslagarbana och tjärbodar. Svartbäcken var 6−7 alnar djup vilket tillät stora skepp att lägga till vid stadens bryggor.[2]
Många gissel hemsökte staden innan den blev totalt destruerad. I en eldsvåda 1681 förstördes tyska kyrkan och en stor del av byggnaderna i staden. Boskapssjuka dödade år 1693 hästarna, korna, grisarna, lammen och getterna i hela länet. Missväxten 1695 följdes av tyfus och hungerår. Missväxten var ett regelbundet återkommande gissel under ”lilla istiden”, det kalla klimat som omfattade hela Norden från och med 1600-talet och som kom att vara i stort sett fram till 1860-talet. År 1696 drabbades staden av översvämningar. År 1702 erövrade ryssarna den strategiskt viktiga men svaga fästningen Schlüsselschloss (Nöteborg) och år 1703 ödelades Nyen definitivt. Stadens ödestimma slog den sista veckan i april, då fältmarskalken Scheremetjev tågade mot Nyenskans med en här på 20 000 man. Skansen försvarades av bara 600 man. Peter den Store började uppföra Peter-Paulfästningen samma år och staden S:t Petersburg var därmed grundlagd. Tsaren invaderade Ingermanland − Dorpat, Narva och Ivangorod − år 1704 och Estland med Reval 1710.
[1] Saulo Kepsu: I olika källor kallas staden Nyen Skantz, Nyenss Staadh, Nyen Schantz, Schantz Ny på svenska, Newaschantz på tyska och Kantzy, kreposti Novyh Kanets på ryska. Kepsu antar att namnet lydde Kantsi på finska. På 1800-talet uppkom det finska namnet Nevanlinna.
[2] Erik Dahlberg, Saulo Kepsu